Jean-François Denis a obtenu des prix aux concours suivants
- Concours international de musique électroacoustique de Bourges, Bourges (Cher, France): 1988
- Prix Chalmers de créativité et d’excellence dans le domaine des arts, Toronto (Ontario, Canada): 1995
- Prix Christopher-J-Reed, Montréal (Québec): 2026
- Prix des Amis de la musique canadienne, Canada: 1996
- Prix Opus, Québec: 2010
- Stockholm Electronic Arts Award, Stockholm (Suède): 1991